Die fünf im Besitz der Abtei befindlichen Mühlen erhielten ihren Antrieb durch das Wasser des Mühlengrabens, und so konnten eine Mahlmühle (zur Herstellung von Mehl), eine Walkmühle (zur Verfilzung von Geweben), eine Lohmühle (zum Mahlen von vornehmlich Fichten- und Eichenrinde – die so entstandene Lohe wurde zum Gerben benutzt), eine Papiermühle (zum Zerstampfen von Lumpen, aus denen ein Hadernbrei für die Papierherstellung wurde) und eine Ölmühle (zum Pressen von Körnerfrüchten, wie z.B. Nüssen – für die Ölherstellung) betrieben werden.
Das einzige, heute noch erhaltene Mühlengebäude mit einem Mühlrad aus dem Jahr 1877 (Zuppinger Rad), gehörte zur Mahlmühle und wurde in den 80er Jahren zu Wohnzwecken umgenutzt. Der dabei gemachte Versuch, mit Hilfe des restaurierten Mühlrades regenerative Energie zu gewinnen, musste wegen der erhöhten Lärmbelästigung aufgegeben werden.
In Seligenthal wurden drei Mühlen, eine Öl-, eine Walk- und eine Getreidemühle betrieben, von denen zwei schon lange nicht mehr existieren. Nur die Ölmühle, die letztmalig um 1902 u.a. zum Pressen von Leinsamen und Bucheckern betrieben wurde, findet sich noch in einem mittlerweile als Wohnhaus genutzten Gebäude im alten Dorfkern.
Gegenüber dieser alten Ölmühle, in einem Hang gelegen, befand sich das "Demeritenhaus". Hierin gab es einen Karzer für die Pater, die sich "unschicklich" benommen hatten.